Obaveza čuvanja elektronskih faktura ustanovljena je članom 15. Zakona o elektronskom fakturisanju.
Što se tiče subjekata privatnog sektora, članom 15. stav 3. Zakona o elektronskom fakturisanju propisano je da se elektronska faktura izdata i primljena od strane subjekta privatnog sektora čuva u Sistemu elektronskih faktura (SEF).
Posledično, privatni sektor nema obavezu da sam čuva elektronsku fakturu. Naime, Uredba o uslovima i načinu čuvanja i stavljanja na uvid elektronskih faktura i načinu obezbeđivanja verodostojnosti i integriteta sadržine faktura u papirnom obliku, na kraju, nije ostavila mogućnost da se elektronske fakture čuvaju drugde osim u Sistemu elektronskih faktura ili u sistemu informacionog posrednika, ako je tako ugovoreno sa informacionim posrednikom. To je ujedno prednost za velike siisteme koji imaju veliki broj transakcija i faktura, te se iz tog razloga odlučuju za uslugu informacionog posrednika.